分子筛净化系统的净化效果的好坏，影响到装置的运转周期。对相同的设备，如果操作不当也可能影响净化效果。在操作时应注意以下问题：
1)对分子筛吸附器的安装要求：要认真检查上、下筛网有无破损，固定是否牢固；分子筛是否充填满，并且扒平；认真封好内、外筒人孔，防止相互窜气；
2)分子筛吸附器在运行时，要定期监视分子筛温度曲线和出口二氧化碳的含量，以判断吸附器的工作是否正常；
3)要密切监视吸附器的切换程序、切换压差是否正常。如遇故障，要及时处理；
4)要密切注意冷冻机的运行是否正常。如遇短期故障，造成空气出口温度升高时，应及时缩短吸附器的切换周期，并及时排除故障；
5)空压机启动升压时，应缓慢进行，防止空气气速过大。向低温系统充气，或系统增加负荷(启动膨胀机、开启节流阀等)时，要缓慢进行，防止系统压力波动；
6)空分设备停车时，应立即关闭吸附器后空气总阀，以免再启动时气流速度过大而冲击分子筛床层。
