分馏塔内积聚水分、二氧化碳等杂质是可以通过加热方法清除的。但是，如果带入了油脂、碱液、硅胶粉末，则单用加热方法是无法解决的，需要进行清洗。
对于采用油润滑的活塞式压缩机、膨胀机，并采用碱塔清除二氧化碳的小型空分设备，如果润滑油量过多，吹除不及时，三级油水分离不净，膨胀过滤器损坏，就很容易将油带入塔内；当碱塔跑碱时，会将碱液带入塔内；当吸附器过滤网损坏时，会将硅胶(或分子筛)粉末带入塔内。油脂进塔将威胁空分设备的安全，碱液会腐蚀金属，粉末会堵塞塔板。因此，当发现塔内有油或碱液进入时，应及时清洗。一般一年清洗一次。
对于全低压空分设备，由于空压机采用透平式，空气中不含油分，同时对水分、二氧化碳是采用自清除方法，一般不必清洗。但在特殊情况下，例如油浸式过滤器大量带油，透平膨胀机轴承漏油，随膨胀空气带入上塔等，塔内发现有油迹，则也应及时清洗。
