与种鸡有关的因素
遗传因素：种鸡的遗传结构与孵化率有关，鸡的品系、家系不同，其孵化率有一定差异；近交时孵化率下降，杂交时孵化率提高。
种鸡年龄：母鸡刚开产时孵化率低，孵出的雏鸡也弱小。母鸡在8~13月龄时产的蛋，孵化率最高，而后随年龄增长种蛋的孵化率逐渐下降。产蛋量与孵化率呈正比例，鸡群产蛋量高时，孵化率也高，影响产蛋量的因素也影响孵化率。
种鸡的营养：种鸡饲料中如缺乏维生素A，则孵出的雏鸡或瞎眼或有眼疾；缺乏核黄素，孵出的雏鸡一出壳就显现出足趾卷曲麻痹症；缺锌时，孵出的雏鸡绒毛发育不良。
种鸡健康状况：种鸡感染蛔虫病、鸡白痢、鸡霉形体病等均影响孵化率，有些疾病如白痢、霉形体病等，又可经蛋传播，尤应注意。
与种蛋有关的因素
种蛋保存时间：种蛋保存超过7天，或保存期间环境相对湿度偏小，都会引起残雏增多。种蛋形态构造：蛋重、蛋形、蛋壳质量等均与孵化率有关。过大的蛋孵化前期胚胎感温和后期散温不良，孵化率较低；蛋壳薄时不仅易碎，蛋内水分蒸发也过快，破坏正常的物质代谢，孵化率也低。
种蛋污染情况：用窝外蛋、脏蛋孵化，种蛋内存在病原体；种蛋或孵化机具消毒不严；孵化室卫生状况不良或臭蛋在机内爆裂，都会使鸡胚感染病原体，而在孵出时出现较多的病、弱雏与死雏。
与环境有关的因素
气温：夏季高温时，种蛋保存条件差，蛋白稀薄，孵化率低；冬季气温低时，如种蛋受冻，则孵化率大为降低。
海拔高度：海拔愈高，气压愈低，空气含氧量愈少，因而孵化时间长，孵化率也低。海拔超过1000米的地区，应选孵化期短的品系或采取往孵化机内输氧的措施，以提高孵化率.
孵化机不良，孵化室与出雏室通风或环境控制不当，都会造成孵化温度发生偏差。若机内气流不畅，形成一些热点与凉点，就会使胚胎产生某些畸形，如孵出小而湿的雏，脐部未闭合、交叉喙、绒毛粗短、缺眼、凸脑雏等。当孵化机内相对湿度过大时，就会出现一些雏体粘有蛋白或者大而软，有的膝关节发红。这是因机内湿度大，蛋内水分未能很好地向外蒸发所导致。如在孵化的前两周，未能按时转蛋或转蛋次数、角度不够，会发现雏与内壳膜粘连，造成残翅或其他畸形。
