在输卵管中，潮湿的蛋白膜可使水分自由通过，一些细菌也可以“穿透”蛋白膜进入蛋壳；此后，蛋白膜渐渐变干，形成防止细菌“穿透”的结构；“穿透”进入蛋壳的细菌还可能进入蛋白，蛋白中的抗菌蛋白质在产前的酸度下对细菌具有杀伤作用。最后一道抗菌屏障是卵黄膜。同时，外壳膜变干，包缠在内壳膜上，形成一道生理屏障，完成这一过程约需24小时。当细菌“穿透”作用减弱时，在较高温度的条件下，蛋白开始发生变化，为胚胎发育做准备，这包括在外胚层两侧建立最佳酸碱梯度和液化蛋白，以降低气体交换和养分释放的阻力；完成这一过程的时间长短，取决于鸡蛋的蛋白质量，而蛋白质量又取决于遗传、环境和营养等因素。如果种蛋贮存时间过长，那么蛋白的变化会超出胚胎发育的最佳生理点，因此，为了降低储存对种蛋品质的影响，人们常常采用控制环境的方法，放慢蛋白的液化速度和降低代谢，推延达到最佳点的时间。
二、加强开产母鸡的培训，避免在地面产蛋
开产前后的一段时间(23－29周)是一个关键时期，母鸡的产蛋习性在这个时期内形成，如果母鸡形成在地面产蛋的习惯，那么它们将终生在地面产蛋，这些蛋将不能作为入孵种蛋，这极大地影响企业的经济效益，因此要加强对母鸡的培训，使其习惯在产蛋箱内产蛋。安装产蛋箱后，应添加足够的垫料，每天翻动一次垫料，全天开启产蛋箱门，可在产蛋箱内放置一些乒乓球，引诱母鸡在产蛋箱内产蛋。开产后，增加巡视鸡舍的次数；发现有地面蛋，随时捡起；发现在地面做窝并准备产蛋的母鸡，抓起放进产蛋箱。尽量减少鸡舍内的阴暗角落，防止母鸡在这种地方产蛋。比如，在平养鸡舍，产蛋箱底距地只有30－40厘米，母鸡极易在下面产蛋，因此建议用塑料网或其它材料封闭产蛋箱下方的空间；在“两高一低”的鸡舍，人们常常使用木条板，作人员阶梯，母鸡也易在下方产蛋，因此建议将其移出室外或将其封闭好。
三、加强产蛋箱的管理，防止种蛋污染
由于鸡蛋产出后首先接触的是产蛋箱，产蛋箱的环境将直接影响鸡蛋的卫生，因此在产蛋舍的日常管理中应把产蛋箱作为一个重要的管理环节。
操作建议
1、在产蛋箱顶部安装一条铁丝，防止鸡只在上面栖息和大便。
2、用湿布檫拭产蛋箱的顶部，每周两次。
3、每天检查产蛋箱的底部，发现有问题及时修理。
4、产蛋箱的垫料最好使用稻壳。
5、在关闭产蛋箱前检查垫料是否充足，如不足立即补足。
6、产蛋箱的垫料应经常更换，一般每两周换一次。
7、在捡蛋时，如发现产蛋箱内有鸡粪或破蛋，随手将它们和脏垫料去除。
8、开灯后开启产蛋箱，关灯前关闭产蛋箱。
四.精心选择种蛋，防止种蛋交差污染
这项工作应主要在鸡舍内集蛋时完成，以减少摆弄种蛋的次数，但在大多数养鸡公司，则主要在孵化厅完成。种蛋的选择应遵循以下原则：
1、脏蛋、破蛋、裂纹蛋不可当作种用。若不挑出，在孵化过程中，则是一大污染源。
2、种蛋带有小粪粒，不能用手搓，要用刀片刮。
3、窝外蛋不可作种用。有的窝外蛋看上去很干净，一些人认为淘汰很可惜，就作了种用，这一点不可取。
4、薄壳蛋、沙皮不可作种用。
五、种蛋外观质量监测
种蛋收集和选择时常出现一些问题，并造成孵化率降低。若这一问题不解决，就会造成更加严重的雏鸡质量问题。本监测简单、用时少，易于发现和量化种蛋选择和收集问题。
种蛋质量监测应每周做一次，从每个鸡群所产种蛋中抽取五盘一一检查，并在检测中记下有问题的蛋数，以此来量化种蛋收集和选择中的问题，建立各项指标的标准，对每个鸡群进行评估。
这一规程将证明哪些鸡群集蛋工作令人满意；哪些鸡群需要再做培训(如本例中的B群)。从种蛋质量监测中获得的信息应通知鸡场管理人员，以便他们与生产者一起提高种蛋收集与选择的操作质量。
六、蛋壳质量评估
文献早已证实，低劣的蛋壳质量对孵化率有不良影响。及时、准确地评估蛋壳质量，能及时发现种鸡饲养中的问题（应激、疾病和营养缺乏)，改进管理、疾病治疗和增加日粮营养,以便提高种鸡群所产种蛋的蛋壳质量；并能为湿度设定提供一定的依据。蛋壳质量的评估方法有多种。一是目测法，当破蛋、畸形蛋、皱蛋、大小头沙皮和暗纹蛋发生率高时，蛋壳质量低劣是显而易见的。二是量化法，测定蛋壳厚度、孔积率、破壳强度、弹性和比重的方法。
在上述的量化方法中，比重法为种鸡质量控制规程提供了一个简易的操作方法。用比重为1.075、1.080和1.085的盐溶液来测定蛋的比重，这种方法既保证了准确性，又增加了获得可靠蛋壳质量评估的时效，极好的兼顾了准确性和时效这两个方面。这些溶液可以用比重计来掌握配制。用表四确定配制这些溶液所需的盐和水的近似量。盐溶液的温度必须维持在18.3摄氏度，以保证测定的准确性。
把鸡蛋放入三个盐溶液中，顺序是比重小、中、大，取出浮起的鸡蛋，计数并记录。例如，如果有100个蛋，其中20个在1.075溶液中浮起，40个在1.080溶液中浮起，40个在1.085的溶液中浮起，那么鸡蛋的平均比重用下面方法计算得出：〔(20×1.075)+(40×1.080)+(40×1.085)〕/ 100＝1.081
一般地，鸡群所产种蛋比重低于1.080，则表明蛋壳质量不良，在这种情况下，应请教营养学家或添加贝壳。
七、种蛋消毒
种蛋消毒有两种流行方法，一是福尔马林熏蒸，二是消毒药喷洒。西方一些国家考虑人体健康，已禁止使用福尔马林熏蒸，只使用消毒药喷洒。当今，中国已开始提倡环境保护和劳动保护，家禽界应率先提倡禁止使用福尔马林熏蒸，而改用喷洒消毒。
1、福尔马林熏蒸
用福尔马林熏蒸脏蛋，效果不好。熏蒸后的种蛋表面无药物残留，要防止重复污染。贮存在低温条件的种蛋，熏蒸前要先预温；凉蛋直接熏蒸，甲醛气体与冷凝水结合，渗入蛋内，造成胚胎死亡。
一般用3倍浓度熏蒸，即42毫升福尔马林和21克高锰酸钾，或者7克多聚甲醛/立方米。熏蒸时间20－25分钟，这是指达到有效浓度后的时间；对于福尔马林与高锰酸钾反应的方法，混合后就能达到有效浓度；而对于多聚甲醛加热分解的方法，只有全部分解后，才能达到有效浓度。熏蒸温度20℃以上。熏蒸湿度60－80％。熏蒸后排风时间40分钟以上。
外卖的种蛋，熏蒸后应在蛋库内贮存一天后再打包。
2、喷洒消毒
喷洒消毒不适合脏蛋消毒。因为蛋表面赃物与消毒剂起反应，降低消毒效果；喷洒后，蛋温下降，蛋内形成较强负压，鞭毛类杆菌“穿透”加强，造成蛋内容物污染。
最好在集蛋后尽快实施喷洒消毒。喷洒时，消毒药应覆盖种蛋表面。消毒药中，不应含有福尔马林，季胺浓度不宜过高；AA公司建议配方是：1％双氧水、0.05％过氧乙酸和175ppm的季胺。
八、最佳贮存条件与时间
正如上文所述，在贮存期间，种蛋内部只有蛋白在结构和形态方面发生变化。为使种蛋在入孵前拥有良好的蛋白质量，保持胚胎活力，我们应制定一套科学的种蛋贮存规程。由于种蛋的蛋白质量取决于母鸡周龄和遗传两个因素，因此，我们很难制定出一套同时适应于所有公司的种蛋贮存规程。应根据各公司的实际情况，先拟定一个规程，经过试验，作出必要的修正，并确定下来。
九、种蛋库的管理
每三小时，记录一次蛋库的温度、湿度值，了解温、湿度的变化情况，检讨蛋库的保温性能，及时检查空调和加湿器的运转状况。若温度、湿度偏离正常设定值，则应及时调整空调和加湿器的设定值。每天打扫两次蛋库，早晚各一次，保持蛋库整洁，并用消毒药消毒地面。蛋车或蛋盘距墙不少于20公分，蛋车或蛋盘之间应保持10公分的距离，使空气循环通畅。应在种蛋或蛋车上作入库时间的标记，防止某车或批种蛋长期压库，造成不必要的损失。
