棚室蔬菜生产时，由于空间限制，空气流通量小，用药不慎，极易发生农药残留，食用后影响人体健康。因此，在棚室蔬菜上施用农药必须把好"三关"。
一、农药品种关。棚室蔬菜发生病虫害后，选择农药时较露地菜更为严格。应根据《国家无公害蔬菜生产技术标准》中的HACCP（危害分析与关键控制点），GMP（良好操作规范）要求选用。剧、高、中毒农药和高残留农药，一律不得在棚室蔬菜上施用（如3911、1605等），只能用高效低毒、易分解、残效期短的农药，如抑太保、灭幼脲、丁醚脲、苏云金杆菌（Bt）、菜喜、农梦特、米满、醚菊脂、吡虫啉、楝素、克螨特等农药。最好用物理技术进行防治，如诱杀板（皿）、黑光灯等。
二、用药适时、适量关。农药使用时间和用量不适，既容易造成浪费，又污染农产品和生产环境。棚室内施用农药时，应根据要求灵活选择，如菜青虫、小菜蛾低龄动期用Bt乳油500-1000倍液防治，虫龄较大时，改用楝素（蔬菜净）500-1000倍液防治，效果较好。菜农大剂量用药的传统习惯，往往造成用药浪费和污染。同时还要说明的是，生物农药不宜与化学农药和杀菌剂混用，且一季棚室菜上同类药最多用4-6次。
棚室温度不同，使用农药也应合理选择。如Bt乳油在30℃以上施用，药效最好；菜喜在棚室高温下，极易对瓜类、莴苣苗等造成危害。
三、停药时间关。棚室蔬菜上使用农药，必须在收获前7-10天停止施用。特别是有机磷类农药和含重金属类杀菌剂，更应严格掌握，否则造成蔬菜污染。
