黑龙江省哈尔滨市环保局落实哈尔滨市政府现场办公会议、党政联席会议要求，采取专家论证、现场检查、驻厂监督、领导约谈等方式，督促企业抓紧落实减产减排和治污项目建设。省、市环保部门成立督查组，深入哈药总厂督促检查，监测频次加密到每天3次，增派执法人员24小时驻厂监督，确保整改如期完成。
哈药总厂问题发生当天，哈尔滨市环保局立即成立了由局长任组长、6位副局长为副组长的应对工作专项推进领导小组。当天上午，环保部门对企业每个车间、每个环节、每个排污口进行详细调查、核实情况，迅速形成报告。监测人员在哈药总厂设置4个点位监测，连续检测企业工艺废气中氨、硫化氢、二甲二硫和臭气浓度4项重要指标。执法人员分成若干组，围绕调查核实情况进行深入取证。
截至目前，哈药总厂已经落实了一系列停产、限产等措施，废弃7A－CA发酵罐现存反应原料，6月17日全部停产。恢复使用污水处理初沉间，采取新型絮凝剂进行末端治理；6月15日全面完成污水处理设施检修任务；企业已于6月5日将厂外生活垃圾贮存池拆除，分别建立生活垃圾存储间、一般工业废物和危险废物存储间，并进行规范处理；危险废物实行转移联单制，实施异地处置。对蛋白烘干车间，通过对菌渣进行异地存放
