土壤有机质在果树优质高效生产中具有重要作用。有机质含量高是优质果园的重要标志之一，丰产稳产果园的土壤有机质含量应在2％以上。据调查，西北地区果园土壤有机质平均含量为0.85％，有机质缺乏是影响果树高产、稳产、优质的主要因素，必须引起高度重视。
土壤有机质的作用
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提供果树所需养分
土壤有机质含有氮、磷、钾等果树所需各种营养元素。随着有机质的矿质化，这些营养元素都成为矿质盐类（如铵盐、硫酸盐、磷酸盐等），以一定速率不断释放，供果树和微生物利用。此外，土壤有机质在分解过程中还产生多种有机酸（包括腐殖质本身），对土壤矿质部分有一定的溶解能力，促进矿质风化，有利于某些养分的有效化；另一方面，土壤有机质还能络合一些多价金属离子，使之在土壤溶液中不致沉淀而增加了营养成分的有效性。
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增强土壤保水保肥能力
有机质分解产生的腐殖质疏松多孔，又是亲水胶体，能吸附大量水分。据测定：腐殖质的吸水率为500％~600％，而黏粒的吸水率为50％~60％，腐殖质的吸水率是黏粒的10倍左右，能大大提高土壤的保水能力。
腐殖质带有正、负两种电荷，可以吸附阴、阳离子，又因其所带电荷以负电荷为主，所以它吸附的主要是阳离子。其中作为养料的主要有K+、NH4+、Ca2+、Mg2+等。这些离子一旦被吸附，就可避免随水流失，而且能随时被根系附近的H+或其他阳离子交换出来，供果树吸收利用，仍不失其有效性。
腐殖质保存阳离子养分的能力，要比矿质胶体大几倍甚至几十倍。因此，在保肥力很差的果园土壤中增施腐殖质有机肥后，不仅增加了土壤中的养分含量，而且改良了果园土壤的物理性状，还提高了其保肥能力。腐殖质是一种含有许多功能团的弱酸，所以在提高果园土壤腐殖质含量后，还能提高土壤对酸碱度变化的缓冲性能。
华圣延安三农公司苹果基地连续使用腐植酸有机肥后，普遍表现土壤蓄水保墒、抗寒抗旱能力增强，不落叶、冒条少，果个大、着色好，树势健壮，成花好，省去了环割等环节。
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促进土壤团粒结构形成
有机质分解产生的腐殖质在土壤中主要以胶膜形式被包在矿质土粒的外表，黏结力比沙粒强，施于果园后能增加土壤的粘着性，促进团粒结构形成。另一方面，由于它松软、絮状、多孔，而黏结力又不如黏土粒强，所以黏土粒被它包被后易形成散碎的团粒，使土壤变得松软，不再结成硬块。这说明，有机质能使沙土变紧，黏土变松，改善土壤的透水性、蓄水性以及通气性。对果农来讲，土壤耕性好则耕翻省力，适耕期长，耕作质量也会相应提高。
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提高土壤吸热性能
腐殖质是一种暗褐色物质，它的存在能明显加深土壤颜色。深色土壤吸热升温快，在同样的日照条件下，其土温相对较高，从而有利于果树春发速长。
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消除土壤农药残毒和重金属污染
有数据表明，DDT在0.5％褐腐酸钠水溶液中的溶解度比在水中至少大20倍，这就使DDT容易从土壤中排出；又如腐植酸能和某些金属离子络合，由于络合物的水溶性而使有毒的金属离子有可能随水排出土体，减少对土壤的污染和对果树的危害。
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其他方面的作用
土壤有机质含碳丰富，是微生物所需能量的来源，但因其矿化率低，不像新鲜植物残体那样会对微生物产生迅猛的“激发效应”（指由于加入了有机质而使土壤原有有机质的矿化速率加快或变慢的效应），而是持久稳定地向微生物提供能源，所以含有机质多的土壤，肥力平稳而持久，不易产生作物猛发或脱肥等现象。
腐殖质在一定浓度下能促进微生物和植物的生理活性。腐殖质能改变果树体内糖类代谢，促进还原糖积累，提高细胞渗透压，从而提高果树抗旱性；腐殖质能提高酶活性，而酶作为生物催化剂，能通过降低反应的活化能而加快反应速度，促使果树吸收更多的有效养分，从而增加生长速度；腐殖质能加强果树的呼吸作用，增强细胞膜透性，从而提高树体对养分的吸收能力并加速细胞分裂，促进根系发育。
增加果园土壤有机质的途径
因地制宜地广开肥源，增施有机肥、腐植酸肥是提高果园肥力的重要措施，也是实现果实优质、高产、高效的重要条件。
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大量施入腐熟的猪、鸡、牲畜粪便和人粪尿，以及沼渣、沤肥、堆肥、作物秸秆、杂草等，秋季翻入深30~40 厘米土层中，让其分解产生腐殖质。
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果园中自然生长的杂草一般不需要旋翻，只需在离地面20 厘米处刈割，覆盖地面，把生长点破坏后，根系就会萎蔫，下雨后雨水可以顺根下渗，再长时根系封住地缝，保住地下水分，等草高过20 厘米再割，反复割草不旋草既保墒又能增加有机质。洛川县旧县阿吾村果农屈某，3年来坚持割草不旋草，其果园土壤有机质含量提高到1.05％，比原来高出50％以上。近几年他还嫌草不旺，每年春季给草施两袋尿素（调节碳氮比，以满足微生物分解有机物对氮素的要求，避免造成土壤短期脱氮）增加草量，深盖树盘，其果园土壤含水量能稳定至13.5％～18.9％，土壤容重由原来的每立方厘米1.4 克降低到1.28克，增产23.8％，效果显着。
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幼树行间种绿肥。绿肥也是果园用以补给土壤有机质的一种重要肥源，分解较快，形成腐殖质也较迅速，开春后及时翻压即可。洛川县旧县镇有的果农种油菜早春翻压，增加有机质效果也很明显。
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有条件的可建设草-猪-沼-果生态果园，即用草喂猪，猪粪进沼气池，沼气池的沼渣沼液直接进果园，促进生态循环。
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在果园土壤管理上普遍采用覆盖免耕制，改变行间小气候。经调查，连续3年树盘盖草0～20 厘米的土层，土壤有机质含量可达到1.15％，比清耕园提高0.38个百分点。土壤含水量一直稳定在13.9％~19.2％，土壤容重由原来的每立方厘米1.43克降低到1.25克，增产24.2％。
